โครงสร้างของปลาน้ำเค็มนั้นจะไม่แตกต่างไปจากปลาน้ำจืดเท่าใดนัก เพียงแต่จะมีการปรับตัวให้เข้ากับน้ำเค็มได้โดยมีผิวหนังและเกล็ดหุ้มตัวกันไม่ให้น้ำและเกลือแร่ผ่านสู่ร่างกายมากนัก น้ำจากภายในร่างกายจะแพร่ออกสู่ภายนอกร่างกาย เนื่องจากน้ำภายนอกร่างกายมีความเข้มข้นของสารละลายมากกว่าภายในร่างกาย ปลาน้ำเค็มจึงต้องมีการดื่มน้ำเพื่อทดแทนน้ำที่สูญเสียไปซึ่งต่างจากปลาน้ำจืด ไตของปลาน้ำเค็มขับปัสสาวะที่มีความเข้มข้นของเกลือแร่สูงเท่ากับปริมาณออกซิเจนในเลือด ขณะที่ปลาน้ำจืดไตจะขับปัสสาวะที่มีความเข้มข้นของเกลือแร่ต่ำกว่าที่อยู่ในเลือด ในขณะเดียวกันก็จะมีการขับสารละลายส่วนเกินที่ได้จากการดื่มน้ำออกสู่นอกร่างกาย โดยจะมีอวัยวะพิเศษที่จะช่วยในการขับสารละลายที่ไม่ต้องการออก เรียกว่า คลอไรด์เซลล์ ที่อยู่บริเวณเหงือก ที่เป็นอวัยวะช่วยในการหายใจ
นอกจากนี้แล้ว ปลาน้ำเค็มในบางอันดับเช่น Perciformes จะมีโครงสร้างของกระดูกที่มีความแข็งแรงและหนาแน่น มีน้ำหนักกว่าปลาน้ำจืด ทั้งนี้เนื่องจาก ความเค็มในทะเลหรือมหาสมุทรจะมีความหนาแน่นมากกว่าในน้ำจืด ฉะนั้นปลาน้ำเค็มจึงมีการลอยตัวตามธรรมชาติได้ดีกว่า

